Античкиот град Астибо својот највисок подем го достигнува кон крајот на II и по првата половина на III век. Во втората половина на III век, со пробивот на варварските племиња во периферните делови на римското царство, страдаат поголемиот дел од населбитe и градовите меѓу кои и градот Астибо. Континуитетот на живеење на овој простор не е прекинат. Населбата егзистира и во доцниот антички и во раниот византиски период веројатно под името Стипеон, а во средниот век населбата го добива името Штип.
Од средновековниот период при крај на IV век и во текот на VII век, во виорот на аваро-словенските завојувања на Балканскиот Полуостров, настрадале скоро сите доцноантички–рановизантиски градови меѓу кои и Стипеон. Средновековниот град Штип никнува врз урнатините на Античкиот град Астибо и рановизантискиот Стипеон. Средновековната историја на градот започнува со населувањето на словените на ова подрачје преполно со бурни историски настани.
Во IX век, брегалничката област потпаѓа под бугарска власт. Од 976 год. до 1014 год. Штип се наоѓа во границите на Самуиловата држава. Временскиот период и пропаста на Самуиловата држава се карактеризира со чести менувања на господарите и тоа Византија, Бугарија па Србија се до доаганјето на Турците кон крајот на втората половина на XIV век кога средновековниот град Штип бил освоен од османлиите.
Средновековниот град–тврдина е лоциран во западниот дел на денешниот град Штип на доминантното возвишение Исар, помеѓу реките Брегалница и Отиња. На највисокиот дел од возвишението изграден е средновековен град од типот  на  самуиловата тврдина (Охрид),  Марковите кули  (Прилеп),  Кале (Скопје) и др.
Како средновековен град, Штип својот најголем културен, економски и духовен подем го постигнува во XIV век. Во долните делови на падините на Исарот изградени се три средновековни цркви од XIV век, на источната падина  ,,Св  Архангел  Михаил“,  на  јужната  „Св  Јован  Крстител“  и  на  северната      „Св Василиј“ која е во остатоци од темели.
Во подножјето на Исарот, а во склоп на средовековниот Штип, влегуваат и црквите „Св Архангел“, „Сифиевата црква“ посветена на Св Никола, денес црква „Св Никола“ и црква „Св Спас“,  сите од XIV век. Денес видливите остатоци од античкиот и средовековниот град представуваат нем сведок за бурната дваесетвековна историја на градот Штип, кој низ вековите се развивал, опстојувал, пропагал и повторно се издигнувал на едно истото место.
На околу 18 км источно од Штип во месноста Горен Козјак, во подножјето на планината Плачковица е лоциран доцноантичкиот-ранохристијански град Баргала.
Во 1395 година Штип го освојуваат Турците. Отогаш па се до XVII век постојат малку пишани документи за мракот на средновековното владеење на Турците. Во пишаните документи Штип се спомнува во 1620 год., кога градот се спомнува како епископско средиште, а во 1661 год. турскиот патеписец Евлија Челебија запишал: „Штип е кадилук со тврдина на ридот што чува стража. Во градот има џамии бањи, голем карван сарај и мала река“. Во Австро-турската војна во 1689 год. Штип е освоен од Австроунгарците. Две години подоцна во 1690 год. повторно го заземаат Турците со големи разочарувања и страдања на месното население. Поволната географска положба придонела Штип до крајот на XVIII век да почне подинамично да се развива. Историчарите тврдат дека во 1820 год. во него живееле 5000 жители. Три децении подоцна бројот на жителите пораснал на 20000 жители. Во втората половина на XIX век започнува со работа првото училиште со 250 ученици. Отвореното училиште има клучно значење во духовната борба на македонскиот народ во овој крај.
Во текот на Втората светска војна во 1941 година го окупираат бугарските фашисти. Единиците на НОБ го ослободуваат на 8 ноември 1944 и оттогаш почнува неговиот слободен растеж.